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?iCLIP交聯用哪個波段?

更新時間:2023-05-15   點擊次數:620次

iCLIP交聯用哪個波段?多高能量輻照?

分子生物學的iCLIP實驗,不知道用哪個波段和多少能量輻照,根據使用過紫外交聯儀的老師反饋,iCLIP實驗需要用254nm的紫外交聯儀對細胞進行紫外輻照,UV-C輻照能量為150 mJ/cm2,照射一次。

紫外交聯儀在分子生物學的應用:

在紫外線照射下,在分子水平上,核酸鏈中相鄰的嘧啶可以發生二聚化,這主要發生在胸腺嘧啶堿基4-6之間。近 100 年來,研究人員一直利用紫外線的這一特性作為研究基因突變的工具。

紫外交聯儀應用包括:

1.光穩定性驗證

2.突變生物學(生存分析、紫外線誘導突變、應激分析)

3.聚合物固化(例如甲基丙烯酸酯樹脂、水凝膠)

4.膜交聯(Northern/Southern 印跡,EMSA)

5.微生物滅活(如細菌、真菌、病毒)

6.雙分子交聯(PAR-CLIP-seq、pBpa、CLIP-seq、iCLIP-seq、sulfo-SDA、補骨脂素)

這些應用依賴于可重復的、高強度的紫外線劑量。LUYOR的紫外交聯儀型號是UCL-3200/3500。UCL-3200/3500交聯儀有一個內置高精度紫外福照度計,紫外福照度計可追溯標準進行校準,以確保無論時間和空間如何都能獲得一致的劑量。

紫外交聯儀UCL-3200/UCL-3500的操作

紫外交聯儀UCL-3200/UCL-3500能夠按照時間或能量 J/cm 2為單位進行設置。因紫外線燈管使用壽命、環境溫度、供電電壓等因素會造成紫外線強度會發生變化,建議用戶輻照使用能量設置,盡量不用時間設置。

如果文獻里使用的是能量單位,用戶可以轉換為 J/cm 2,這是該儀器上用于輸入的測量單位。在下面表格里面提供了各種能量單位如何轉換。

如果文獻里面是強度單位,通常以 µW/cm 2為單位,則該值將伴隨曝光時間。用戶必須將輻照能量值轉換為 mW/cm 2,在下面表格里面提供了各種強度單位如何轉換。此外,用戶必須將曝光時間轉換為秒(例如 10 分鐘 = 600 秒)。

例如:

研究人員將某種流感病毒暴露于 2000 uW/cm2 10 分鐘。將報告的紫外線劑量轉換為 J/cm 2。

轉換方法 :

輻照強度 (mW/cm 2 )* 時間(秒) = 輻照劑量 (mJ/cm 2 )

2 mW/cm 2 * 600 秒 = 1200 (mJ/cm 2 )=1.2 (J/cm 2 )

交聯輻照如何放置輻照樣品?

建議用戶將樣品放置在紫外交聯儀輻照腔的照明中心位置。放置在中心的樣品能確保輻照到到設置的劑量。由于邊緣效應,放置在后面和前面位置的樣本接收的劑量將少于設置的劑量。


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